Линкольн Бэрроуз (Доминик Перселл), парень неблагополучный, бывший наркоман - находится под стражей в тюрьме строгого режима "Фокс Ривер" в ожидании смертной казни за убийство брата вице-президента. Разумеется, он этого убийства не совершал. Поэтому младший брат Линкольна Майкл Скофилд (Вентворф Миллер) решает спасти своего брата и устроить побег из тюрьмы. Вот только для реализации плана Майкл устраивает фальшивое ограбление банка, отказывается от адвоката и сам садится в ту же тюрьму, где ждет казни его брат. В свое время он работал в фирме, которая занималась планированием объекта "Фокс Ривер" и знает немало интересных особенностей всех помещений. Вся необходимая информация всегда находится при Майкле, поскольк у перед отправкой на тюремные нары он сделал себе впечатляющее тату на теле. В то время как Майкл работает над выполнением плана в тюрьме, знакомясь с местными авторитетами и готовя побег века, подруга братьев - адвокат Вероника Донован (Робин Танни) занимается собственным расследованием убийства вице-президента. Она пытается выяснить, кто же подставил Линкольна и кто стоит за чередой убийств, связанных с этим делом.

Первый сезон состоит из 22 эпизодов.