По мнению автора проекта Криса Картера, "Тысячелетие" - это история человека, который ведет борьбу с силами зла на пороге предсказанного конца света. Герои сериала не могут сидеть сложа руки в ожидании лучшей доли. Они хотят избавить человечество от того пессимизма, которым заразил его век войн и катастроф. Крис Картер в своей работе над идеей сериала "Тысячелетие" использовал множество литературных и документальных источников, содержащих информацию о различных культах, религиях, гаданиях, предсказаниях. Но в своем кабинете в Ванкувере он держит только "Библию" и "Апокрифы". Вместе с Крисом Картером на проект "Тысячелетие" из "Секретных материалов" перешли его ближайшие друзья сценарист Глен Морган и режиссер Дэвид Наттер.
Фрэнк Блэк, бывший сотрудник ФБР, специалист по серийным убийствам. Вместе со своей женой Кэтрин и дочкой Джордан он переезжает из Вашингтона в Сиэттл. 10 лет непрестанного общения с самыми страшными преступниками сделали Блэка человеком специфическим. Он способен теперь видеть мир глазами убийц, понимать причины, приводящие их к совершению преступлений. Возвращение в Сиэттл для него - это припадание к корням, которое поможет очиститься от скверны и сохранить семью. Кэтрин является верным другом и помощницей своего мужа. Пока он идет по следам насильников, Кэтрин помогает жертвам справиться с потрясением и вернуться к нормальной жизни. Друг детства Блэка, лейтенант полиции Боб Блетчер, потрясен новыми способностями своего товарища. Но Блэк рассказывает ему и о том, что эти способности он развивает в себе для борьбы в рядах секретной группы "ТЫСЯЧЕЛЕТИЕ". Ее активисты - это люди, знающие о мировом зле очень много. Они посвятили свои жизни искоренению зла. И Блэк - один из них.

52 серии по 45мин.