В продолжении популярной семейной комедии 1999-го года "Стюарт Литтл" симпатичная мышь Стюарт теперь проживает с семьей Литтлов. Стюарт учится в школе, строит модели самолетов и играет в футбольной команде. Но все меняется, когда судьба сводит его с птицей по имени Маргало. Они становятся друзьями, и она рассказывает ему о злобном Соколе, который терроризирует ее... После исчезновения птички Стюарт и кот Литтлов Снежок отправляются на отчаянные поиски своего нового друга через весь Нью-Йорк...